プレイヤーは女王《スコーチ・クイーン》の命を受けた「総督」だ。そして、古い世界を塗りつぶす「ブライトストーム」に対抗できる最後の砦「スモルダリング・シティ」のために大自然を切り拓き、失われた富を探し出すリーダーの一人でもある。1つの都市開発に焦点を当てた一般的なサバイバル・シティービルダー(都市づくりゲーム)とは異なり、『Against the Storm』では複数の入植地をつくり、広大で繁栄したネットワークを構築しなければならない。それぞれ違う得意分野と欲求を持った種族が暮らすファンタジー世界を開拓しよう。
自然には多くの危険が潜んでいる上に、終わりのない嵐が繰り返し住民に襲い掛かってくる。もし入植地が壊滅したら、その遠征は終わってしまう。しかし、ゲームそのものが終了するわけではない。本作、ローグライト・シティビルダー『Against the Storm』では、過去の遠征で得た資源、アップグレード、経験値を次の都市開発に引き継いだ状態で新たな入植地へと旅立つことができるのだ。