はるか遠い宇宙のはてにある故郷セイバートロン星から、 機械のボディに感情と個性をそなえた生きたロボットたち 「超生命体トランスフォーマー」がやってきた!! 神秘のエネルギー 「エネルゴン」を求めて、 惑星エネルゴアに不時着したトランスフォーマーたちは、 惑星の環境に適応するために動物や昆虫、恐竜に「変身」する能力を手に入れる。
「ロボットと生物の特徴を備えた新時代のトランスフォーマー 「ビースト戦士」の誕生である!!
彼らは宇宙の平和を守るため戦う正義のトランスフォーマー軍団 「サイバトロン」と、 エネルゴンのパワーで宇宙征服をたくらむ悪のトランスフォーマー軍団 「デストロン」にわかれ、 謎多き惑星エネルゴアで戦いをくりひろげる。
サイバトロンをひきいるのは、平和を愛し、ゴリラに変身する能力をそなえた若き司令官コンボイ。 デストロンを支配するのは、おそるべき戦闘能力とわるがしこさを備えた、
惑星最強の生物ティラノサウルスに変身する破壊大帝メガトロン。
いまここに、動物の本能と能力をそなえた個性ゆたかなビースト戦士たちによる、 驚異に満ちた「ビーストウォーズ」が開幕した!!!
はたして戦いに勝利するのは、サイバトロンとデストロンのどちらだ!?
ストップ・ザ・ウォー!!
神秘のエネルギー「エネルゴン」を求めて、サイバトロンとデストロンは謎の惑星に不時着した。大気に満ちた強力なエネルゴンからボディを守るため、彼らは惑星にすむ生命体をスキャン。ビーストモードへの変身能力をそなえた、特別な力を持つビースト戦士へと生まれ変わったのだ。カッコいい姿になって喜ぶサイバトロンたち。一方そのころデストロン軍団では、リーダーの座をかけて戦士ダイノボットがメガトロンに決闘をいどんでいた!!
地上最速の動物チーターに変身したチータスは、ブンブンと飛び回る巨大なハチと遭遇した。そのハチの正体こそ、デストロンのワスピーターである!! ロボットモードに変身した両者は、戦いを開始。そこに援軍として他のサイバトロン、デストロンも集結。ビースト戦士となった両軍が、初めて戦火を交えるのだった。だがもともと調査船の乗組員であるコンボイたちは、数にまさり戦いなれしたデストロン相手に苦戦をしいられてしまう……。
とつぜんデストロンをやめたと宣言して、ダイノボットがサイバトロンの前に現れた。しかもダイノボットはコンボイに、司令官の座をよこせと一方的に決闘を挑んでくる。正義のサイバトロンとしてそんな申し出を受けるわけにはいかないと拒むコンボイだったが、強い相手を前に燃えるダイノボットは聞く耳を持たない。仕方なくコンボイも決闘に応じるのだった。だが決闘のさなか、メガトロン率いるデストロンのいっせい攻撃が２体を襲う!!
天然のエネルゴンクリスタルを見つけたデストロンは、クリスタルを切り分けて運ぼうとくわだてていた。元デストロンであるダイノボットを信用できないラットルだったが、コンボイは新たな仲間として彼を迎え入れ、共に地上からクリスタルへと急ぐ。強烈なエネルゴンが吹き荒れるクリスタルのふもとで向かい合う、ビーストモードの両軍。この謎多き惑星エネルゴアで、いまこそビースト戦士たちによる「ビーストウォーズ」が開幕するのだ!!
貴重な新型無線機のテストが、チータスによって行われた。戦闘は避けるようコンボイに強く命じられたチータスだったが、デストロンの気配を感じれば、無鉄砲な彼にそんな命令が通じるはずもない。基地から遠く離れた場所にてチータスは敵を発見。強力な武器・メガキャノン砲を掘り起こすスコルポスに、不意打ちで攻撃を仕掛けるのだった。だが、スコルポスはひとりではなかった。チータスは逆に、後ろからタランスに撃たれてしまう。
失敗の責任を感じたチータスは密かに基地を抜けだし、メガキャノン砲が隠されたデストロン基地へと向かっていた。しかしまたもタランスの罠にかかり、絶体絶命のピンチを迎えてしまう。そのころ、そうとは知らぬ コンボイは、デストロン基地 への偵察を決定。ところが任務を頼もうとラットルを探すと、彼の姿がない。無鉄砲だが憎めない友達の身を案じて、すでにラットルはコンボイにも内緒でチータスのあとを追っていたのだ！
この惑星の衛星軌道には、不時着の際にサイバトロンの宇宙船が放出した無数の救命ポッドが浮かんでいる。そのひとつが地表に落下したことで、サイバトロンとデストロンによる救命ポッドの争奪戦が始まった!! ポッドのなかプロトタイプの姿で眠るサイバトロンの仲間を、デストロンにわたすわけにはいかない。あせるコンボイは空から向かうが、ワスピーターとテラザウラーに撃ち落とされてしまった。はたしてポッドはどちらの手に!?
仲間が眠る救命ポッドの墜落地点へと急ぐ、ライノックス、チータス、ラットル。だが空から襲来したテラザウラーとワスピーターは橋を壊し、空を飛べないサイバトロンを足止めしてしまう。一方、残る部下を引きつれたメガトロンは、チャンスとばかり手薄になったサイバトロン基地を襲撃!! コンボイは重傷を負って動けないため、戦えるのはダイノボットひとりだけ。このままでは基地は壊され、ポッドもデストロンに取られてしまう!?
ふたたびサイバトロンの救命ポッドが地表に落下。コンボイとダイノボットが落下地点に急ぐが、待ち伏せをくらいポッドを奪われてしまった。敵に情報がもれているのでは？ このところ、デストロンの待ち伏せが続いているのだ。スパイの疑いを掛けられたラットルに、コンボイは危険な単独任務を命じる。するとラットルは、敵のはずのテラザウラーとなにやら密談を交わすのだった。はたしてラットルは本当にスパイネズミなのか!?
リーダーの座を狙うテラザウラーの手で、ラットルとメガトロンは檻に閉じ込められてしまった。テラザウラーはラットルを使い、メガトロンを追い落としたのだ。だがもちろん彼らが黙って捕まっているはずもなく、メガトロンは基地のコンピューター・ナビ子に命じて檻を開けさせて脱出。ラットルも隠し持った七つ道具を使って、鍵を開け檻を抜け出した。ひとりデストロン基地をさまよう、ラットルの本当の目的とは!?
またサイバトロンの救命ポッドが地表に落下した。しかしこのポッドは激しく損傷しており、いちはやく落下地点に到着したライノックスは、仲間を救おうと懸命にポッドを操作する。ポッドの機能を回復し、適合する生命体をスキャンしてビーストモードを手に入れなければ、プロトタイプの状態で眠る仲間の命、「スパーク」が消えてしまうのだ。もはや一刻の猶予もない――。そのとき、デストロンが接近してきた!!
危険な状態の救命ポッドを基地に持ち帰ることもできず、ライノックスはその場で処置を続けていた。しかしポッドの機能は回復せず、いまだ適合する生命体をスキャンすることができなかった。ポッドを奪おうとするブラックウィドーを撃退したチータスだったが、そこにワスピーターとテラザウラーも到着。戦いが続くなか、ライノックスはポッドに眠る仲間の命を救うために、自分の身を危険にさらす決断をする。
あいかわらず仲の悪いデストロン軍団は、今日も基地で内輪もめ。ところがその騒ぎでエネルゴンを誘爆させてしまい、なんと全滅してしまった!? その様子を隠しカメラで目撃したサイバトロンは、好機が訪れたとばかりデストロン基地に潜入。宇宙船を修理するためのパーツを集める。デストロンが消え戦いが終結したいま、ついに故郷セイバートロン星に帰れるのだ。喜ぶ一同。だが唯一、元デストロンであるダイノボットの表情は暗かった……。
全滅したかに思えたデストロンは、やっぱり生きていた!? 彼らはエネルギー遮断装置を使い死んだふりをしてサイバトロンを騙していたのだ。セイバートロン星への宇宙船の発射時刻がせまるなか、惑星に残る決断をしたダイノボットを総勢でデストロンが襲う。仲間を見捨てるわけにはいかないとコンボイは、船を飛び出し援護に向かうのだった。しかしこの機会を逃せば、もう故郷には帰れないかもしれない。はたしてコンボイは間に合うのか!?
ダイノボットにそっくりな姿を持つクローンダイノボットを、メガトロンが作り出してしまった。クローンをサイバトロン基地に送りこみ、基地を守る防衛システム「サイバーガード」を解除させようというのだ。まずテラザウラーが本物のダイノボットを倒すと、クローンダイノボットが出動。まんまとクローンダイノボットはサイバトロン基地に潜入し、まさかニセモノとは知らぬコンボイたちを罠にはめてゆく。このままでは基地が危ない!?
メガトロンの命令にしたがうクローンダイノボットの正体を見破ることができず、サイバトロンは次々とワナにはめられてしまう。ラットルがデストロンに捕まった……というウソに騙されて、コンボイはクローンダイノボットにサイバトロン基地を託して出撃。ひとり残ったクローンダイノボットは、サイバーガードの解除にとりかかる。サイバーガードが解除されればサイバトロン基地は無防備となり、デストロンに占拠されてしまうのだ!!
またひとつ、サイバトロンの救命ポッドが落下した。両軍団を出し抜いてポッドを確保したのは、メガトロンへの反逆をたくらむタランスである。タランスは ポッドを操作し、サイバトロンのプロトタイプをデストロン戦士へと書き換えてしまった。タイガトロンもポッドの元へと急ぐが、すでにポッドは生命体をスキャンし、プロトタイプに新たな姿を与えようとしていた。はたしてデストロンの新戦士は、どんなビーストになるのか!?
プロトタイプからデストロンの新戦士、アリのインフェルノが誕生した!! 生まれたばかりのインフェルノはアリの本能にあやつられ混乱するばかり。その混乱にまぎれて、こっそりタランスは救命ポッドを盗み出してしまう。実はタランスの本当の目的は、救命ポッドのほうだったのだ。混戦のなか、ポッドを「巣」とかんちがいしているインフェルノと、タイガトロン、さらにメガトロンの命令でスコルポスが、それぞれタランスを追う!!
デストロンがサイバトロン基地を奇襲し、ガードコイルを盗んでしまった。ガードコイルは、惑星のエネルゴン波から基地を守る大切なパーツ。これがなければ基地の中でもロボットモードでいることができなくなってしまうのだ。しかしビーストモードのまま過ごせば、やがて彼らは、ビーストの本能にのみこまれ てしまう。しだいに自分を失っていくコンボイたち。このままではサイバトロンが、心まで本当の「動物」になってしまう!?
デストロンの策略によりコンボイたちサイバトロン戦士は、内なるビーストの本能を制御できず、本当の動物同然になってしまった。もはやサイバトロンなど敵ではないと、勝利を確信するメガトロン。部下たちも歌も歌って絶好調である。「ビースト狩り」と称してサイバトロンを襲うデストロンに対し、戦う力を失ったコンボイたちは逃げまどうしかない。絶体絶命の危機に、普段からビーストモードで暮らすタイガトロンが駆けつける!!
ライノックスの「くしゃみ」が止まらない!? これはタランスの秘密兵器・エネルギー放出ウイルスがひきおこしたくしゃみだった。はげしいくしゃみで体内のエネルギーを放出しつづけるライノックス。このまま放出が止まらなければ、最後にはエネルギーがゼロに……。そうなれば、彼の命も消えてしまうのだ。ただちにコンボイは、ウイルスを治すワクチンを手に入れるべく、ラットルとダイノボットにタランスの捜索を命じる!!
激しさを増すライノックスのくしゃみにより、サイバトロン基地は大混乱。くしゃみと共に放たれるエネルギーは、基地に大きな穴を開けるほどの威力だった。しかも頼みの綱であるラットルとダイノボットの反応が、レーダーから消えてしまう。衰弱する友・ライノックスを救うため、コンボイはメガトロンたちとの直接対決を覚悟するのだった。そのころ当のメガトロンは、ウイルスを複製しサイバトロン全員を感染させようとくわだてていた。
今日も今日とてサイバトロンとデストロンの果てしない戦いは続いていた。調査に出たチータスとダイノボットを、突然インフェルノが強襲する。武器弾薬を山頂に集めてデストロンは攻撃の準備を進めていたのである。続いてテラザウラー、ワスピーターが参戦、タイガトロンも助太刀に現れる。しかしそのさなか、一匹のホワイトタイガーが戦いに巻き込まれてしまった。彼こそはタイガトロンのかけがえのない友だったのだ！
はるか太古から続く、正義のため戦うサイバロトンと、全宇宙を征服しようとするデストロンの戦争。しかしこんな戦いをやめないかぎり、平和はこない――。友を失ったタイガトロンは戦いの意義を見失い、サイバトロンから離脱してしまった。そこでダイノボットは、後を追い、これこそが弱肉強食の戦いであり、それは大自然の掟なのだと説く。戦士らしく迷いのないダイノボットの説得に対し、タイガトロンが出した答えとは？
エネルゴンの探索に出たサイバトロンを、メガトロン率いるデストロンが襲ってきた。逃げ場のないサイバトロンに対して優位に立つデストロン。絶体絶命のピンチを救ったのは、ライノックスの優れた機転だった。冷静かつ迅速な指示を仲間に伝えて撤退を指揮するライノックスに、コンボイも賞賛をおくる。しかしメガトロンも、ライノックスの才能を認めていた。そこでデストロン変換器を使い、ライノックスを悪の戦士に変えてしまう!?
