主人公の千空は、謎の現象により全人類が石化した世界を科学の力で取り戻すために奮闘している。新たな仲間を集め「科学王国」を築き上げるが、「武力帝国」との対立も発生する。千空たちは、コールドスリープした仲間を救うため、人類未踏の新世界を目指す。
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石器時代から現代文明まで、 科学史200万年を駆け上がる! 前代未聞のクラフト冒険譚、ここに開幕!
全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年――。
超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚めた。
文明が滅んだ石の世界ストーンワールドを前に、
千空は、科学の力で世界を取り戻すことを決意。
新たな仲間を集め『科学王国』を作りあげる。
しかし、そこへ霊長類最強の高校生・獅子王司率いる
『武力帝国』が立ちはだかる。
科学vs武力の戦いは、千空たちが優勢となり和解するが、
司は仲間の裏切りによって深手を負ってしまう。
千空たちはコールドスリープした司を救うべく、
石化光線の発生源、地球の裏側・新世界を目指す！
神腕船長・龍水を仲間に迎え、大海原へと飛び出した千空たち。
科学船ペルセウスで向かう先は、百物語始まりの地――『宝島』だった！
千空は島に眠る宝を求め、
仲間と共に新たな冒険の地へと突き進む‼
