19世紀英国――
名門貴族ファントムハイヴ家の執事セバスチャン・ミカエリスは
13歳の主人シエル・ファントムハイヴとともに
“女王の番犬”として裏社会の汚れ仕事を請け負っていた。

ある日、シエルの元に女王から、
英国屈指の名門寄宿学校・ウェストン校に通う親族・デリックほか
複数人の生徒が音信不通になっているという手紙が届く。
かくしてセバスチャンとシエルは、事件を調査するためにウェストン校に潜入する。
事件の真相とは…？

『黒執事寄宿学校編』エピソード

1話その執事、登校

英国屈指の名門寄宿学校・ウェストン校に新入生として通うことになったシエル。 4つの寮の監督生（ルビ：プリーフェクト）・P4が統治する学園は、伝統を重んじ厳しい規律に縛られた閉鎖空間だった。慣れない学園生活に翻弄されるシエルの前に、寮監に扮した執事・セバスチャンが現れる。

2話その執事、偽装

ウェストン校に通う複数人の生徒が音信不通になっている。その実態を調査せよ――。女王の命で学園に潜入したセバスチャンとシエル。学園を統治するP4に近付くため、シエルは学内の評価を上げ、P4とその寮弟だけの会合に参加する機会を得る。だがセバスチャン特製の茶菓子を手に会合の場を訪れたシエルを、予期せぬ事態が待ち受けていた。

3話その執事、策謀

自身を陥れたモーリス・コールへの借りを返すため動き出したシエルは、他寮の所属であるモーリスを監視させるため、ソーマを特例で入学させる。そこで明らかとなったのは、学園一の美少年・モーリスの裏の顔だった。

4話その執事、談合

モーリス・コールによって着せられた濡れ衣を晴らし、P4からの信頼を勝ち得たシエル。しかし未だ校長に近付く機会はなく、音信不通の生徒たちの調査は進まない。そこでシエルは、寮対抗クリケット大会に浮足立つP4とその寮弟たちに、デリック・アーデンの話題を持ち出す。するとP4の表情が一変し――。

5話その執事、入場

デリック・アーデンたちを寮から引きずり出すため、紫黒の狼（ヴァイオレット・ウルフ）寮に火を放ったシエルとセバスチャン。しかしデリックは現れなかった。八方ふさがりのシエルだったが、有力な情報を耳にする。ウェストン校伝統のクリケット大会には多忙な校長が現れる。そして、最も『紳士的なプレイ』をした生徒は、校長主催の『真夜中のお茶会』に招待されるというのだ。

6話その執事、策動

クリケット大会の選手に選ばれたシエル。しかし、彼の所属する紺碧の梟（サファイア・オウル）寮は万年最下位の成績。そんな弱小寮が過去1度だけ優勝したことがあった。『碧の奇跡』と呼ばれる快挙の立役者が父・ヴィンセントであることを知ったシエルだが、奇跡ではなく力尽くで勝利をもぎ取ることを決意するのだった。そして大会は当日を迎える。

7話その執事、決勝

決勝戦まで勝ち進んだシエルたち紺碧の梟（サファイア・オウル）寮。一方、とうとう姿を現した校長を追うセバスチャン。選手たちの才能が惜しみなく発揮され、翡翠の獅子（グリーン・ライオン）寮の「力」と紺碧の梟（サファイア・オウル）寮の「策」が拮抗し試合が白熱するなか、セバスチャンは校長を捕まえることができずにいた。

8話その執事、施錠

熱戦を制し、クリケット大会優勝をとげた紺碧の梟（サファイア・オウル）寮。後夜祭のメインイベントであるボートパレードで、シエルはヴィクトリア女王に真実を献上することを改めて誓う。その夜、シエルのもとに『真夜中のお茶会』の招待が届く。

9話その執事、朗笑

クリケット大会での活躍が功を奏し、ウェストン校の絶対君主――校長主催のお茶会に招待されたシエル。デリック・アーデンたちの失踪について校長とP4を問い詰めるシエルだったが、そこに微笑を浮かべたデリックが現れる。その姿を前にしたP4から、驚愕の真実が明かされる。

10話その執事、賛同

生徒失踪の真相。それはP4によるデリック・アーデンら5名の殺害、そして秘密結社・暁（ルビ：アウローラ）学会による死者蘇生だった。さらに校長に扮していた人物の正体が、かつてファントムハイヴ家の協力者だった葬儀屋（ルビ：アンダーテイカー）であることが明らかになる。彼の目的は『動く死体』の進化だという。