忍術学園の土井先生が決闘に向かって行方不明となり、山田先生と6年生たちが捜索を行う。一方、土井先生と山田先生に代わってドクタケ忍者隊の昆奈門と尊奈門が教壇に立つことになり、一年は組の忍たまたちが戸惑う。平穏な日常に忍び寄る白い闇の正体とは?乱太郎たちが忍術学園の平和を取り戻せるか、見逃せないエピソードが展開される。
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決闘に向かった土井先生が、行方不明に―――!?
タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門に挑まれた決闘に向かった後、消息を絶ってしまった土井先生一 尊奈門とその上司にあたる雑渡昆奈門から一連の事情を聞いた、 忍術学園の山田先生と六年生たちは土井先生の捜索に当たる。
一方、何も知らない一年は組では、 昆奈門・尊奈門が土井先生・山田先生の代わりに教壇に立つことに!! 異様な緊張感が走る授業にへとへとになりつつも、 いつも通りのん気に過ごす一年は組の忍たまたちだったが一
平穏な日常に忍び寄る白い闇一。その正体とは･･･? 果たして乱太郎、きり丸、しんべヱたちは、 忍術学園の日常を取り戻すことができるのか!?
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