――時は、人類が月に住処を移した未来。
月面コロニーに住む人々は、クロノス社が開催する一大エンターテインメントサバイバルゲーム『逃走中』に熱狂していた。ハンターから逃げきり、逃走成功した者には、栄光と莫大な賞金が与えられ、それに人生を賭ける者も多かった。
コロニーの下層に位置する「グレーエリア」に住む、運び屋の少年・トムラ颯也もまた『逃走中』への参加を夢見ていたが、グレーエリアの住人たちはクロノブレスを所持していないため、『逃走中』にエントリーする資格さえなかった。そんなある日、ペコ婆から、「かつてグレーエリアの住人が、警備が厳重だというクロノス社のドームに通じるブリッジを突破したことで認められ、『逃走中』に参加したことがある」という伝説を聞いた颯也。
そして、新たな『逃走中』開催日……。颯也は、病気を抱える弟のためにと、伝説に聞いた通り、ゴールデンムーンブリッジの突破を試みる。そこで謎の美女に出会った颯也は、クロノブレスを与えられ、『逃走中』への参加が認められた。
こうして颯也は、夢に見た『逃走中』の世界へと足を踏み入れ、ハンターとの激しい逃走劇が始まった……！
颯也が飛び込んだ『逃走中』の舞台、それは「2023年のシブヤ」であった。
突如として出現し、暴れ回る巨大怪獣シブラー。人々が逃げ惑う中、颯也は不思議な少女・すずに出会うが……すずはシブラーに連れ去られてしまう。
「怪獣シブラーによってシブヤ駅地下ホームへ連れ去られた5人の市民を救出せよ。制限時間は15分」――クロノス社のゲームマスター・月村サトシによってミッションが発動される。そのミッションをクリアすべく、颯也たち20人の逃走者は行動を開始した。ミスター・パーフェクト、モーリスから的確な指示を受け、クロノス社から支給されたアイテムを手にシブヤ駅へ急ぐ颯也たち。だが、シブラーは触腕を振り回して行く手を阻む。さらに恐るべきハンターたちも執拗に逃走者を追う。
颯也たちは時間内にミッションをクリアできるのか？ すずを救出できるのか？
ハンターから逃げ切れるのか……！？
「2023年のシブヤ」を舞台とした『逃走中』へと転送された颯也たち。
しかし、そこに怪獣シブラ―が現れ、その触手が町の人々や逃走者たちを襲っていた。最初のミッションをなんとかクリアし、逃走エリアは拡大。逃げやすくなったかと思われたが、シブラ―は第二形態の巨大ダンゴムシ型に進化しており、ゲームは過酷さを増していた。
新たなミッションに取り組むべく、シブラ―に対抗する武器を手に入れるため、現在行方知れずの丹波博士の捜索にあたる逃走者たち。だが、手がかりは、ケガで朦朧とした丹波博士が、自分がいる場所から見える景色を撮影し、孫娘・すずに送った写真のみだ。
逃走者たちは、その画像を手に丹波博士を懸命に探すが、目的の場所は一向に見つからない。一方、その様子をグレーエリアの自宅で観戦していたハルは、ある事に気づき、ゲーム内の颯也に通信を試みる……。
繭になったシブラーだが、丹波博士が開発したバーストブラスターを使えば倒すことができるチャンスがある。だが、バーストブラスターを起動させるにはエターナルメタルのエネルギーが必要だ。エターナルメタルは保管庫に格納されている。
そんな時、月村サトシによりミッションが発動された！
「保管庫にあるエターナルメタルを攻撃用特殊車両に届け、バーストブラスターでシブラーをたおせ！」
颯也を始め、ミッションに動き出す逃走者がいるなか、月村サトシは逃走者たちを惑わす条件を出す。
それはエターナルメタルが賞金に換金できるというものだ。シブヤの街中に出現した自首ボックスが逃走者たちを迷わせる。
颯也は無事にミッションをクリアし、シブラーを倒すことができるのか！？
颯也は仲間だと思っていた逃走者にエターナルメタルを託したが、裏切りにあいミッションは失敗。怪獣シブラーは更なる進化を遂げ、ルナは牢獄へ送られてしまった。それが逃走中だと諭すモーリスだが、自分を責める颯也。
「シブラーのコアをバーストサーベルで突き刺し退治せよ！」――月村サトシによって新たなミッションが発動された。
ミッションをクリアするにはシブヤの上空に浮遊する怪獣シブラーの頭部まで、そのクラゲの足のような触手を伝って登らなくてはならないが、成功すれば、牢獄に送られた逃走者1名を復活できる。
ピッケルに、フライングマット。様々なアイテムを手に登りだす逃走者たち。颯也もルナを復活させるためにミッションに挑む。だが、落下すれば命はない。更に上空からはシブラーの吐き出す毒が。地上からはハンターが逃走者たちを追い詰める。
颯也はミッションをクリアし、ルナを復活させることができるのか！
ついに最終形態となった怪獣シブラー。シブラーを倒すには、すずのペンダントに収められている高純度のエターナルメタルを利用した最終兵器を完成させる必要がある。だが、怒りに燃えるすずは一人でシブラーに向かっていく。
「すずを保護し、ペンダントを丹波博士に届けて最終兵器を完成させ、シブラーを撃滅せよ」――月村サトシは最終ミッションを発動した。
バズーカ、防護スーツ、デコイ。三つのアイテムからひとつを選び、夜のシブヤを走る逃走者たち。ハンターから必死に逃げながら、すずの行方を追う。やがてすずと再会した颯也は、彼女と彼女の両親との悲しい過去を知る。
エターナルメタルに反応し、すずに迫ってくるシブラー。颯也は怒りを込め、シブラーにバズーカを撃ち放つ……！
バーストグレネード完成まで時間を稼ごうとしていた颯也を怪獣シブラーが、踏み潰した！
絶句する逃走者たちだったが、なんと幸運にも防護スーツを着ていたルナが身代わりになっていて、二人とも無事だと発覚。ルナはその後、ハンターに確保されてしまうが、「絶対勝ちなさいよ、自分のために」と想いを颯也に託す。
怪獣シブラーを撃滅するべく、最終ミッションに挑む逃走者は、颯也、モーリス、ペンタ、シド、カラハリの5人。シブヤの一角に巨大トラップが仕掛けられており、その場所まで暴走するシブラ―を誘導し、モーリスが最終兵器バーストグレネードで止めを刺すという作戦が開始される。
大暴れするシブラ―を懸命に誘導する颯也たち。颯也はすずや丹波博士の為に、シブヤを守るべく懸命に走る。しかし、シブラーの脅威は増すばかりで……！？
シブヤでの『逃走中』から数か月後――バイタルブレスを失った颯也は以前のように、ただの運び屋として荷物を運ぶ日々を送っていた。その途中で、恐るべき身体能力で移動する謎の男と衝突してしまう颯也。その男は、颯也に気づき、前回の『逃走中』での判断の甘さを指摘。「ハンターが何体だろうと……俺は影すら踏ませない」と颯也を挑発して、去ってく。
一方、ホワイトエリアの大病院で煙月病の治療を受けていたハルは、順調に回復に向かっており、いつしか『逃走中』出場への想いが膨らみ始めていた。グレーエリアで日常を過ごしていた颯也もまた、シブヤでの激しい逃走劇を思い出し、もう一度『逃走中』に出場したいという想いが抑えきれなくなる。
そんな時、クロノス社の月村サトシから『逃走中』に関する、ある重大な発表が行われて……！？
颯也たちが降り立った『逃走中』の新たな舞台、そこは「江戸時代のオワリの国」だった。颯也とルナは、城下町で妖怪・髑髏衆の一人、佐々木小次郎の攻撃を受けていた侍の少年・五郎太を救う。五郎太はこの国の城主の息子であり、城主は突如現われた織田信長によって殺されていた。
オワリ城上空に出現する信長の立体映像。信長は「日本を魔界に変えて天下を統一する」と宣言し、さらに「五郎太を捕らえよ」と小次郎に命じる。
「五郎太を南の村へ脱出させ、城下町と村をつなぐ3つの橋を破壊せよ」――月村サトシによってミッションが発動された。颯也とルナ、モーリス、そして各逃走者たちがミッションのクリアを目指し、行動を開始する。だが、町の各所には5体の恐るべきハンターが存在し、逃走者を捜索している。さらに、二刀流の使い手である小次郎が手下の妖怪同心とともに五郎太を狙っている。達成困難なこのミッションに、颯也はどう挑むのか……！？
逃走を続ける颯也たちの前に立ちはだかったのは、妖怪・髑髏衆の一人で、伝説の剣豪と称される宮本武蔵だった。さらには、背後から同じく剣豪の佐々木小次郎が迫る。慌てて身を隠す颯也たち。一方、織田信長は村へ通じる三本の橋を全て落とすように武蔵と小次郎に命じた。果たして全ての橋が落とされる前に、三人の家臣を見つけて村へ逃げ切ることが出来るのか！？ 焦る颯也たちを、執念深く追ってくる小次郎。そして、ついに秘剣・ツバメ返しが颯也たちに狙いを定めた！
ミッションはクリアしたが、モーリスが倒壊する家屋に巻き込まれ、生死不明の状態に。だが、同じく倒壊に巻き込まれた妖怪・宮本武蔵は生きていた。
二刀流の達人、宮本武蔵が再び五郎太に襲い掛かる。五郎太を守りながら逃げる颯也たち。共に逃げる五郎太の付き人・松之丞は、織田信長がオワリ城を襲った際、父を宮本武蔵に斬り殺されていた。父の仇を討つ決意の松之丞。
妖怪・宮本武蔵を斬るには、泉の水で清められた聖剣『水雲（みずぐも）』が必要だった。逃走者の一人、ムーンライト歌劇団兎組、男役トップスターの兎桜マリンと共に村はずの寺へ行き、封印されていた水雲を手に入れる松之丞。
複製された水雲が颯也たち逃走者にアイテムとして支給され、ミッション発動。「宮本武蔵の2本の刀を破壊し、松之丞に父の仇を討たせろ！」
松之丞に仇を討たせるため、颯也たちは宮本武蔵を村外れの松林に誘い出すが‥‥。
颯也たちを呼びつけたのは、東の森で暮らす奇人・平賀源内だった。織田信長に対抗するためには伝説の守り神「侍魔人」を復活させるほかないと言う源内。その復活の秘法の解読法を五郎太たちに伝えようとした源内だが、突如現れた男にさらわれてしまう。
その男は、妖怪・髑髏衆の一人、歌川国芳。彼は自分の「作品」の中に源内を隠したと告げ、遊ぶかのごとく源内探しを持ちかける。人探しに慣れた借金取り・ジャイロの指示のもと、必死に源内を探す颯也たち。しかし、不気味な「何か」が徘徊する森の中で、逃走者たちが次々と姿を消していって……？
『侍魔人を呼び起こせ』
オワリ家の守り神である侍魔人を呼び起こせば、織田信長を退けることが出来る。そのことを聞いた颯也たちはオワリ城への潜入を決意する。しかし侍魔人を呼び起こすには、城の敷地内に隠された三体の武人像を探し出さなければならなかった。少人数に分かれ武人像を探し始める逃走者たち。彼らの前に立ちはだかるハンター。更に信長の妖力に操られた城の守備兵や、新たな敵として妖怪・髑髏衆の一人、真田幸村が行く手を阻む。武器を調達したり、秘密の抜け穴を使ったり、時には誰かが囮になったり……各々のやり方で武人像を探す逃走者たち。しかし敵の攻撃とハンターの猛追により次々と確保されてしまう。一方、ホワイトエリアで颯也の逃走を見守っていたハル。彼の元に突如、とある人物が現れて……。
ミッションをクリアし、侍魔人を呼び起こし歓喜する颯也たちだったが、喜びも束の間、織田信長と安倍天魔に侍魔人を奪われてしまう。
天魔は侍魔人を操り、天守の上空に出現した魔界の扉を開けさせる。魔界から飛び出てくる無数の空飛ぶ鬼。彼らは天魔の指令に従い、五郎太を狙う。
颯也たちに課せられる新たなミッション。100体の空飛ぶ鬼を殲滅し、魔界の扉を閉じなければならない。ハンターたちの追跡をかわし、空飛ぶ鬼たちとバトルする颯也たち。しかし、空飛ぶ鬼たちの攻撃は凄まじく、徐々に追い込まれていく。
五郎太を守ろうと盾になるルナに、天魔の刀が振り下ろされる！？ そんな絶体絶命のピンチを救ったのは、行方知れずとなっていたあの男だった！
一方、ホワイトエリアで颯也の活躍を観戦していたハルは、訪ねて来たクロノス社のハーヴェストから、以前の『逃走中』でゲーム内にハッキングをしたことを追求され……。
逃走者たちと空飛ぶ鬼との激闘も終盤戦。武器であるエレキテル砲のエネルギーが僅かとなるが、遂に共闘した颯也とシグマによって、最後の一体を倒すことに成功した。颯也たちの熱い想いに感化され覚醒した五郎太は、安倍天魔から侍魔人を取り戻し、魔界の扉を閉じた。
失態を犯した天魔は織田信長の怒りを買い、彼に吸収されて灰となる。
見事にミッションをクリアした颯也たちだが、休む間も無く、新たなミッションが課せられる。五郎太に信長を討ち取らせなければならない。颯也たちは与えられた名刀を手に、五郎太と共に信長が待つ天守へと向かう。しかし、魔界から妖力を吸収し、パワーアップしていた信長は、なんと龍を出現させ、先制攻撃を仕掛けて来て…！？
一方、ホワイトエリアで『逃走中』を観戦していたハルは、クロノス社のハーヴェストから、逃走中へ参加するよう誘われ……。
最終ミッションをクリアし、逃走成功まであと僅か。残された颯也、ルナ、モーリスを、計8体のハンターが容赦なく追いかける！
3体のハンターに囲まれ、逃げ場を失う颯也。だが、城内に仕掛けられたカラクリを作動させたルナのラッキーのお陰で、ギリギリのところでハンバーをかわす。しかし、落とし穴に転落したルナを思わず助けているところを、残り時間数秒でハンターに確保されてしまった！
異世界オワリ城を舞台としたステージで、見事、逃走成功したのは絶対王者モーリス。そして、ルナだった。
数日後、一年後に年間王者を決めるグレートチャンピオンツアーへの参加権を争うポイントが、クロノス社から発表される。それを確認した颯也は、次こそは逃走成功させると意気込む。すると、病気を克服し、帰宅していたハルが、『逃走中』に出ると言い始め……。
怪我の治療のため、次回の『逃走中』の出場辞退を発表した絶対王者モーリス シューメーカー。
大本命不在で、次は一体誰が逃走成功するのかと巷で話題になっていた。ユニークな逃走者達が続々と参加表明する中、ルナやシグマも逃走成功へと思いを馳せる。
一方、ハルは颯也に『逃走中』に出たいと宣言したが、病み上がりな事もあり、「お前には無理だ」と諭され、悔しさを抱えていた……。
3度目の出場が決まり、胸を高鳴らせていた颯也は、運び屋の仕事の途中で、見た事のない動きを見せるガスティンという謎の男と出会い、『逃走中の真髄』という聞き慣れない言葉を聞く。
そして遂に、絶対王者不在の『逃走中』がスタートする。いつもより前のめりでゲームに臨む颯也だったが、降り立った先は、怪しい廃墟のような教会だった。
警戒しながら教会内を探索していると、突如、颯也の体に禍々しいオーラが入り込んで……！？
颯也たちが降り立ったのは19世紀末のロンドンだった。ここが次なる逃走中の舞台だ。市内を散策していた颯也とルナだったが、恐ろしい殺人事件に出くわしてしまう。颯也は現場から逃走する犯人を追跡するが、すんでの所で取り逃がしてしまった。現場で出会ったロンドン警視庁のマックス警部によれば、犯人は「切り裂きジャック」と呼ばれる人物らしい。そんな時、ミッションが発動。「切り裂きジャックの次なる犯行を阻止せよ」。果たして颯也たち逃走者は、危険極まりない連続殺人犯を捕まえることが出来るのか！？
切り裂きジャックの罠にはまり、絶対絶命の颯也とシグマ。だが、颯也に不思議な力が目覚め、その力によって何とか危機を脱するものの、切り裂きジャックの次なる犯行を阻止できてはいない。前の犯行現場に残された謎めいた文章。逃走者たちは、手掛かりをつかむべくその謎を解こうとするが、ハンターたちの追跡もあり思うように捜査もできない。徐々に迫るミッションの制限時間。そして、それは次の被害者が生まれるという事でもある。颯也たちは制限時間内に謎を解き明かし、切り裂きジャックの次なる犯行を阻止することが出来るのか！？
颯也に続き、謎の声に導かれて不思議な力に目覚めたシグマとルナ。その力の正体とは。
だが、能力があがったのは、颯也たちだけではなかった。パワーアップしたハンターたちが逃走者を追い詰める。
そして、マリンの前で人気オペラ歌手が忽然と姿を消し、更に3人のオペラ歌手を狙う犯行予告が残されていた。ロンドンを襲う謎の事件は解決していなかったのだ。
「4人のオペラ歌手を犯人から守れ！」――月村サトシによってミッションが発動される。手分けしてオペラ歌手の捜索と保護を開始する逃走者たち。犯人は、目撃されていた仮面の男なのか。犯罪予告に秘められた謎が解ける時、思わぬ犯人の姿が‥‥。
「歌って、私の子守歌‥‥」。
オペラ歌手を誘拐したのは、タコの化け物のクラーケンと眠れぬ怪物セイレーンだった。ハンターに邪魔され、ミッションは失敗。オペラ歌手の一人がルナと共にテムズ川の底へ引きずり込まれてしまった。このままでは2人の命が危ない。
「クラーケンとセイレーンに捕らわれた2人を救出せよ！」――月村サトシによってミッションが発動される。
オペラ歌手のジョイス・オハラとルナを救うためクラーケンとセイレーンを探す逃走者たち。
クラーケンとセイレーンが潜んでいた意外な場所とは。
そして2体の怪物に秘められた謎は。
ハンターも交え、逃走者たちと怪物の水中戦が始まった。
マックス警部の元に新たな予告状が届き、南の街エリアへやってきた逃走者たち。そこでは原因不明の病が流行り、多くの美女が昏倒し眠っていた。病と予告状に関連があるのか調査を始めた逃走者たちだが、突如吸血鬼のような姿に豹変した美女らに襲われてしまう。襲い来る吸血美女から逃げる最中、純銀製のイースター・エッグで彼女たちを正気に戻せることを知った颯也。助けた美女から「誰かに操られていた」という話を聞き、原因不明の病はドラキュラが裏で糸を引いているのではないかと思い当たる。ドラキュラのいる城に向かうには、朝五時に出発する列車に乗らなければならない。しかし街には凶暴化した吸血美女たちが徘徊している。逃走者たちは吸血美女を正気に戻して回りながら、列車の切符を手に入れるミッションを課されるのだった。
古城エリアへと到着し、ドラキュラの城を目指す颯也たちの前に、ドラキュラ伯爵が姿を現した。力を覚醒させ、闘いを挑む颯也だが、ドラキュラの強さは凄まじく、危うく血を吸われそうになるが、雲の隙間から差し込んだ太陽の光に救われた。
ドラキュラは手下のファントムに颯也たちの始末を任せ、城へと戻る。颯也たちには「制限時間30分以内に、古城に潜むドラキュラを撃破せよ！」という新たなミッションが課せられるが、一人また一人とファントムの餌食となってしまう。さらに古城エリアに到着したハンターの追跡も加わり、颯也たちは追い込まれていく。
そんな中、颯也たちの前に、ドラキュラの弱点を示す謎の暗号が出現した。ジョン ドゥーの活躍で暗号の謎を解き、ドラキュラを撃破することができる聖なる槍を手に入れる颯也たちだが、そこへファントムが襲来。再び覚醒し、闘いを挑む颯也だが、ファントムは特殊能力を発動し……。
ファントムを倒し、ドラキュラの城へ到着した颯也やシグマたちは、ドラキュラ伯爵の居場所を探る。だが、ファントムに捕らえられ、吸血鬼に変えられてしまった逃走者たちに襲われ、さらに城内へと侵入してきたハンターにも追われ、ドラキュラを発見することができない。
制限時間が僅かとなる中、怪しげな蝙蝠を発見した颯也は、その後を追い、ついにドラキュラの居場所を見つけ出す。力を覚醒させた颯也は、同じく力を覚醒させたシグマと共闘し、ドラキュラに闘いを挑む。終始優勢な颯也とシグマは、聖なる槍でドラキュラの心臓を突くのだが、ドラキュラは死なず、形勢は逆転。窮地に追い込まれる颯也たちだったが、ジョン ドゥーがドラキュラの秘密を暴き、弱点を見つけ出す。しかし、激怒したドラキュラに襲われたジョン ドゥーは、仮面が外れ素顔を露わにしてしまう。
その正体に颯也は驚愕し……！？
ロンドンで誘拐事件が多発しているとの報告を受け、ドラキュラ城から戻ってきた逃走者たち。しかし戻って早々、マックス警部が動くミノタウロスの銅像に攫われてしまう。街の人々を拉致しては、寺院の下に隠された地下迷宮へ連れ帰っていたミノタウロス像。逃走者たちはマックス警部を助けるため広大な地下迷宮へ潜って行く。チームごとに分かれマックス警部を探す逃走者たち。そんな彼らを、陰から監視している怪しい女がいた。「騒ぎ立てる侵入者をを捕まえよ」と迷宮にミノタウロス像を放つ女。逃走者たちは逃げたり戦ったりと立ち回るものの、抵抗虚しく次々と連れ去られてしまう。仲間を庇ってミノタウロス像に気絶させられ、とある部屋に連れて来られたシグマ。そこで目にした女の正体とは……！？
颯也たちの前に現われたのは怒りのメデューサだった。同時に『メデューサを倒し、地下迷宮を脱出せよ！』という緊急ミッションが発動する。メデューサは目から怪光線を放ち、逃走者を次々と石に変え、宮殿を飾る柱にしようとしていた。颯也たちはハンターの追跡を警戒しながら、その光線を跳ね返すことができる鏡を探そうとするが、メデューサの住処である地下迷宮では見つからない。だが、迷宮に入る前に手に入れた勲章がコンパクトミラーだと気付いたパンナが、無謀にもひとりでメデューサ退治に動き出してしまう。
メデューサとの決戦となり、苦戦する颯也たち。そこに囚われていた筈のシグマが現れ、メデューサの前に立ちはだかる。メデューサが、シグマの美しい瞳に見惚れている隙に颯也が大逆転の一手を放つ！
なんとかミッションをクリアし、迷宮からの脱出を試みる逃走者たちだったが、出口に続く糸が何者かの手によって切られていると発覚。さらに、行方不明状態だった千石警部から「逃走者の中に殺人鬼が紛れ込んでいる」と驚きの通信が入る！
行方不明状態だった千石警部から「逃走者の中に殺人鬼が紛れ込んでいる」と通信が入り、動揺する逃走者たち。
しかし、月村サトシはこの状況を利用し『裏切り者から逃れ、地下迷宮から脱出せよ！』という緊急ミッションを発動。疑心暗鬼の逃走者たちは、暗い地下迷宮をバラバラに逃げていく。
パンナに接触した人物がその後、消息を絶っていたことからパンナを怪しむルナ。そんな中、ペンタは迷宮の柱にジャイロがつけたろう石の跡があり、それを辿れば外に出られる筈だとルナに教える。すると、それを盗み聞きしていた裏切り者は先回りし、ろう石の跡を消そうとする。だが、それはペンタの仕組んだ罠で、隠れていた颯也たちによって遂に裏切り者は捕らえられる。その正体はミカ・ルルーシュだった！ミカには二面性があり、心の中に狂暴な殺人鬼が棲んでいた。悪鬼レッドキャップの力が覚醒し、ペンタ達の命を狙うミカ。しかし、そこに正義の刑事・千石が駆け付け、彼女は取り押さえられた。
無事、地下迷宮を脱出した颯也たち。メデューサから元の人間の姿に戻った女性アンバーは、ロンドンで巻き起こる怪事件の意外な真相を語り始める…。
アンバーの案内で、ロンドンで起こった無数の怪事件の黒幕、ガイアロストの秘密研究所へ潜入する逃走者たち。そこで彼らが見たものは、大量のモンスター胚と呼ばれる人間を怪物兵器に改造することができる物質と、それを生み出したゼベットと名乗る科学者だった。全ての決着を付けるためにゼベット教授を捕らえようとする颯也たちだったが、ジャック オー ランタンと呼ばれる炎のモンスターが出現。逃走者たちに襲いかかって来た。さらには放出されたハンターたちも到着。二つの敵を同時に相手にすることになった逃走者たちの運命は！？
ロンドンで起こった全ての怪事件の黒幕であるゼベット教授を追い詰めようとする逃走者たち。だが、用意周到なゼベットは、ロンドンの地下に巨大飛行船を用意していた。その飛行船には、人間を怪物兵器に改造することができるモンスター胚が積み込まれている。ゼベットはこれをヨーロッパの各国へ売りさばくつもりなのだ。これを逃せばヨーロッパ全土にモンスターが出現し、過去に起こった世界大戦を越える規模の戦災が起こってしまう。
更に、ゼペット教授は自らの肉体をも改造し、最終改造モンスター・フランケンシュタインとなって、逃走者たちに襲いかかる。ミッションクリアのため、そしてヨーロッパを救うために、逃走者たちの戦いが始まる。
最終ミッションを見事クリアし、後は逃げ切るだけとなった颯也たち。だが、彼らをロックオンしたハンターは執拗に追いかけてくる。ひとりまたひとりとハンターに確保され、残るは颯也とピエタだけ。絶対王者モーリスを超える為、懸命に走る颯也だったが、最後の最後でハンターに確保されてしまう。ピエタも脱落し、今回のゲームでの逃走成功者は無しという結果となった……。
数日後、颯也はハルと一緒に『逃走中』への想いを語り合う。ゲームマスターから渡された謎のアイテムのお陰で不思議なチカラを経験し、今までと違う自分に出会えたようでワクワクしていた。そこに以前知り合った謎の男・ガスティンから颯也に緊急呼び出しが入る。
ガスティンは、颯也を『逃走中』のトレーニングステージへと連れて行き、前回のゲームで経験したチカラの真実を教える。ゲームマスターは逃走者の心の中に眠る本質＝ウォークライをクライトリガーによって目覚めさせようとしていた。このウォークライを習得すれば、更に逃走者としての高みを目指せると知り、颯也は修行に入ることを決意する。
颯也は『逃走中』のトレーニングステージでの修行に入るが、ひとりで複数のハンターから逃げ切るのは難しく、何度挑戦してもゲームオーバーとなる。ガスティンからのアドバイスを聞きながら、怪獣シブラーと対峙しミッションにも挑む颯也だが、やがて心身ともにボロボロになっていく。ある日、ゲーム内のバグで出現した猫・デグと出会い、それをきっかけに少しずつ颯也は成長を見せて行く。
颯也がいなくなってから数か月後の時が経った…。『逃走中』はいつも通り開催されており、ハルは何度も挑戦中。モーリスは相変わらず連勝を続けていた。一方、次のゲームに向かおうとしていたルナは、自身の姉・西洞院ナギも出場すると分かり、驚く。
間もなくゲームが始まる。その時、入場ゲートにハルの見送りに来ていたペコ婆の前に、風を切るように現れたのはトムラ颯也だった！修行を終え、以前より逞しくなった颯也が、久しぶりに『逃走中』に挑む！
新しいステージの舞台は、中世のエジプトに存在したと言われる伝説の国『ジャガリア王国』。神殿では、3000年前に封印された呪われたファラオの復活が企てられていた。何者かが古代エジプトのアヌビス神を蘇らせ、アヌビス神は封じられていたミイラたちを街へ解き放つ。儀式が終わるやいなや、崩れ落ちる神殿。逃げ道を遮られ、絶体絶命の颯也たちを、この国の王子カイトが魔法を使い助けてくれた。街では解き放たれたミイラたちがファラオ復活に必要な子供たちの生き玉を吸い取り集めている。ミイラを封印するには、街に飛散した封印の扉を構成する4枚の石板を集めて、元通りに組み合わせなくてはならい。
「4枚の石板を探し出し、組み合わせて、ミイラを封印せよ」――月村サトシによってミッションが発動された。逃走者たちにはアイテムとして複製された魔法の杖が与えられ石板探しを始めるが、ミイラは逃走者たちをも襲い始める！
襲われている子供を助けようとしてミイラに捉えられてしまったクレアは生き玉を吸われ、生気を失い動けなくなり、ハンターからも狙われるが、颯也が進化したウォークライの力を発揮し、クレアと子供を助け出した。
呪われたファラオの復活を企むローブの男とアヌビス神は、子供たちを助ける逃走者が企みの邪魔になると考え、ミイラに逃走者をも襲わせる。
ミイラを封印するため、街中に飛散した4枚の石板を集めるミッションは続いており、ミイラとハンターが迫る中、必死に石版を探す逃走者たち。次々と脱落者が出る中、シグマが1枚目の石板を発見。颯也とルナもクレアが助けた子供から情報を得て2枚目の石板を発見。逃走者たちは、順調に石板を見つけていくが、そうはさせぬとアヌビス神は更に多くのミイラを送り込み…⁉
3枚の石板が見つかり、4枚目の石板を残すのみとなったが、その石板は港で船に積み込まれる荷物の上に載っていた。船に積まれれば石版は逃走エリアの外。二度と手に入らなくなる。逃走者たちは港へ向かうがハンターとミイラが迫り、なかなか辿り着けない。ミッションは失敗かと思われたが、幻霧の占いを頼りに港へたどり着いたマリンが船へ積み込まれる寸前、4枚目の石板を手に入れた。あとは4枚の石板を組み合わせられれば、ミッションクリアだ。
集会場へ集まり石版を組み合わせようとするが、組み合わせ方は何通りもあり、どう組合せても石板に描き出される絵柄は意味のあるものになりそうにない。しかもチャンスは1度きり。組合せに失敗するとミイラは永遠に封印できなくなる。ハルが諦めずに向き合う中、街中のミイラが集会場の周りに集まり、侵入を試みだした。必死でミイラの侵入を食い止める颯也たち。果たしてハルは時間内に組合せ方の正解を見つけることができるのか。
カイト王子の恋人、隣国ガルーダル王国のレイラ姫が誘拐されてしまった。『囚われたレイラ姫を探し出し、救出せよ！』逃走者たちにミッションが発動される。レイラ姫を救出するためには、彼女を攫った砂の化け物の居場所を突き止めなくてはならない。特典が入ったアイテムBOXを開けた逃走者は動物と会話出来る魔法を使うことができ、その魔法を駆使し、砂の化け物の目撃情報を集めていく。しかし動物たちは曲者揃いでなかなか有益な情報が得られない。レイラ姫と二つの国に危機が近づいていると焦るカイト王子。やがて少しずつヒントが集まってゆき、逃走者たちは北方にある岩の通路を目指すことに。一足先に岩の通路の入口へ到着したマリンとリンセンはレイラ姫を見つけるべく奥へと進むが、そこに待ち受けていたのは恐ろしい砂のトラップだった。砂に囚われ身動きの取れない中、迫り来るハンター。果たして無事にレイラ姫を助け出すことは出来るのか！？
レイラ姫を助け出すため砂の神殿へとやって来た、颯也たち逃走者とカイト王子。しかし、アヌビス神の魔法で、神殿の内部は迷路になっていた。刻一刻と減っていくミッションの残り時間。ハンターたちを掻い潜り、襲いくるサソリ人間の攻撃をかわし、レイラ姫のもとへと急ぐ颯也たち。そんな彼らの行手を阻むべく現れたのは、レイラ姫から生き玉を吸い取っている張本人・アヌビス神だった。カイト王子の魔法で応戦するが、アヌビス神の魔法の威力が勝り、カイト王子と颯也は神殿の下層に落とされてしまう。意気消沈するカイト王子と颯也だが、王家に伝わるアヌビス神を封印する魔法を手にいれることができ、再びアヌビス神へ戦いを挑むべく、先を急ぐ。
一方、ローブ姿の男を尾行するため、一人別行動を取っていたハルは、男に尾行していることを知られてしまい、命の危険に晒され！？
一足先に迷路を抜け、アヌビス神のもとへ到着したルナやガスティン。アヌビス神の傍にはレイラ姫が眠らされていた。彼女を取り返すべく奮闘するルナたちだが、アヌビス神の強烈な攻撃魔法の前に防戦一方となる。しかし、そんなピンチを救ったのは、覚醒したシドだった。シドの活躍もあり、颯也とカイトはアヌビス神を封印することに成功する。これでミッションクリアかと思いきや、僅かの時間差でレイラ姫は息を引き取っていた。絶望するカイト、無念の颯也たち逃走者の面々。そこへハンターがやって来てしまい…！？レイラ姫の悲劇を知った兄・シュルーク王子は激怒。ジャガリア王国へ宣戦布告する。一方、ハルの尾行をかわし、秘密の場所へと到着したローブ姿の男は、ファラオの眠る棺にレイラ姫の生き玉を注ぎ、彼を復活させるのだった。
ミッションは失敗に終わり、レイラ姫の生き玉は奪われ、ファラオが復活してしまった。カイト王子は、しきたりに従い、5人の魔法使いと共に決闘島に向かわねばならないと颯也に話す。同時に、『5人の逃走者で決闘島へ向かえ』というミッションが発動。ゲームマスターによると、制限時間内に逃走者自身で5人のメンバーを決める必要があり、逃走者を脱落に導いた者には多額の報酬が提示され、生物の動きを一定時間止める新魔法・ジットンを、ペンタが手にした事で、一気に危機感が高まる。ペンタは報酬欲しさに、容赦なく逃走者を脱落させるべく動き出す。さらにスライム化することで、ハンターも同時に呼び寄せ、ナギを守ろうとしたリンセンが脱落。だが、長時間ウォークライを使い続けた事でエリア内にいたハンター10体すべてが、ペンタをロックオン。自首する隙もなく、最後はペンタ自身が脱落してしまう。ミッションはクリアとなり、颯也、ルナ、ナギ、シグマ、ガスティンの5名は、カイト王子らと一緒に決闘島へと出航する。一方、ガルーダル王国の王子もまた5名の魔法使いを従え、決闘島に降り立っていた…！
ついに決闘島へ上陸した颯也たち5人の逃走者。そこで待っていたのは、決闘島の裁定者であり調停者・ホルス神だった。ジャガリア王国、ガルーダル王国、それぞれの戦士たちは空中に浮かんだ巨大な島の上で、1対1で戦うのだ。儀式を終え、それぞれの決闘の場へおもむく逃走者たち。一方、敵国の5人の戦士はみな全身を覆うローブをまとっており、正体が判らない。果たして正体不明の戦士に勝つことは出来るのか？その頃、完全復活をもくろむファラオも決闘島で暗躍を始めていた！それぞれの敵とファラオ。二つの敵を相手にしなければならない、颯也たち逃走者たちの運命は！？
ガルーダル王国でも、颯也たちの知らないもうひとつの『逃走中』が開催されており、モーリス、ピエタ、カラハリ、フェザリー、ハルが5人の戦士として決闘島に降り立っていたことが判明し、驚く颯也たち。
決闘島での戦いは続いていたが、ようやく決着が付き、ジャガリア王国が勝利した。勝利した戦士たちがホルスの神殿へ集めら、古来からの習わしに従い、勝利した王国のカイト王子に「勝者の魔法」が与えられるのだという。
だが、暗躍するファラオの軍勢が神殿へと押し寄せて来た。すさまじい数の敵を前に、動揺する颯也たち。しかし神殿を守るホルス神の力は強大だった。一瞬でファラオの軍勢を消滅させるが…。それは、より大きな災いの始まりでしかなかった！
ガルーダルの王族の生き玉や、ホルス神までも自らの体内に吸収し、ファラオは恐ろしく巨大な姿へと変貌を遂げた。その禍々しい姿に圧倒される颯也たち。巨大化したファラオの放つ闇の光は、決闘の場でもあった浮島を一撃で破壊するほど凄まじい。
まともに戦って勝てる相手ではないことを悟る颯也たち。そこへホルスの化身が現れ、残された最後の力を使い、彫像になっていた逃走者たちを蘇らせ、ファラオの封印を託した後、吸収されてしまった。さらには、放出されたハンターたちが神殿を目指して集結しつつある。このままでは、ファラオにやられるか、ハンターに掴まるかのどちらかだ。
追い詰められた逃走者たちだったが、ハルがファラオ攻略の作戦を見出した。危険を伴うが、わずかな希望を賭けて、颯也たちは捨て身の戦法を取る！
王族とホルス神を吸収し絶大な魔力を手に入れたファラオ。そのファラオを倒すため、颯也とカイト王子はファラオの体内に侵入し、そこからの攻撃を試みる。レイラ姫の導きもあり、カイトは巨大化したファラオの本体に勝者の魔法ジャスティアスを放つことに成功する。ファラオは霧散し、取り込まれていた王族とホルス神はもとに戻ったが、一人目を覚まさないレイラ姫。だが、カイト王子の愛がレイラ姫を蘇らせ、二人の愛の強さを目の当たりにした両王家は和解。二人の結婚を認めた。
感動的な幕切れかと思われたが、3000年に及ぶファラオの恨みは強く、怨霊となって空を覆った。「ファラオの呪いが放たれた時、空と川は暗黒の渦に包まれ、光る星の衝突と共にこの世は滅亡する」。言い伝えられていたファラオの厄災が始まったのだ。果たして颯也たちは、怨霊と化したファラオを封印し、世界を滅亡から救うことができるのか。
怨霊ファラオを封印し世界を滅亡から救うため、3つに分かれ島中に飛散したホルス神の弓の破片を手分けして集める逃走者たち。彼らの前に立ちはだかるのは10体のハンターと怨霊ファラオに操られたザムザ。そのザムザの魔法は強大で、颯也はウォークライを発動して応戦するが、戦いの余波でガスティンは義足を損傷してしまう。ハンター2体が迫る中、ルナが囮になることでピンチを切り抜けた颯也とガスティンはホルスの弓の破片を持って神殿へと戻っていく。他の逃走者たちもハンターとの逃走を繰り広げなら神殿に向かう。3つの破片を神殿へ持ち帰る逃走者たち。だが、神殿へ戻るとレイラ姫がザムザによってさらわれていた。怨霊ファラオを封印するにはカイト王子とレイラ姫が、ホルス神の弓で愛の魔法を放たなくてはならない。
絶対絶命の状況で、ナギのウォークライが覚醒する！果たして颯也たちは、レイラ姫を救い出し、世界を滅亡から救うことができるのか。
全てのミッションが終了し、沈みゆく決闘島から逃げ出そうとする逃走者たち。その最中、ガスティンと颯也が島の崩落に巻き込まれてしまう。チャーチグリムの能力で窮地を切り抜けようとする颯也だが、突如ウォークライが暴走。自我を失い、凶暴な姿に豹変して周囲を破壊し始める颯也を、ガスティンは止めることが出来るのか。
絶対王者モーリスもハンターの追跡に苦戦する一方、同じく迫り来るハンターから逃げるルナとナギ。魔法や、以前助けた動物たちの力を借りながら危機を脱するも、次々とアンラッキーに見舞われる。ルナのラッキーとナギのアンラッキーがせめぎ合う様子に、牢獄の逃走者たちも気が気でない。やがて丘の上に追い込まれてしまう二人。このままではハンターに確保されるか、島の沈降に巻き込まれるのを待つばかり。追い詰められたルナとナギは、究極の賭けに出ることに…⁉
砂漠の魔法都市ステージを逃走失敗で終えた颯也は、ゲーム終盤に発動したウォークライで自我を失い暴走した理由を知るべく、ガスティンの工房を訪れる。ガスティンに誘われ、トレーニングステージ・シブヤに来た颯也は、そこで怪物ジャック オー ランタンにハルが襲われているところに遭遇する。咄嗟にウォークライを発動すると再び自我を失い、暴走状態に陥ってしまう…！
どうやら颯也の中に隠された本質はかなり巨大な力のようで、ガスティンは、これ以上、颯也がウォークライを多用し暴走状態になると、自身の命、さらには身近にいる者の命さえ危険に晒すことになると忠告する。だが颯也は、その未知なる力を恐れず、自分のものにしたいと前向きに捉え、その決心をガスティンに伝える。
一方、長らく探し求めていた禁断のゲーム『エニグマ』は実在すると確信した怪盗アポロン。ルナを守るため、密かに動き出す執事のじいや。大所帯で挑もうとするパンナなど、それぞれに思惑を抱えた逃走者たちが次のゲームに挑む。
その時、クロノス社に不穏な影が近づいていた…。
新ステージに挑む颯也たちだが、システムが何者かにハッキングされてしまい、月村サトシの判断で強制終了となる。復旧を急ぐオペレーターたち。彼らの前にホログラムで登場したのは、A3コロニーの『逃走中』を仕切るカイロス社のゲームマスター・狼月マコトだった。
システムを完全に乗っ取った狼月は、A7コロニーの空気清浄装置を停止させ、「エニグマを渡せ」と月村に迫る。エニグマとは、クリアすると世界最大の秘宝を手に入れられると言われる難攻不落の『逃走中』らしい。月村は要求を拒否し、彼の配下である雪之丞とサメジマに拉致されてしまう。そんな悪辣を尽くす狼月に、ハーヴェストがA7とA3の選抜メンバーが『逃走中』で戦う対抗戦を持ちかける。彼女の強気な態度を気に入った狼月は彼女の挑戦を受けて立つと宣言した。
突如決定した対抗戦。出場の決意を固める颯也やシグマたちだが、彼ら以上に気概を見せる者がいた。たぬき男だ。彼は頭部に手を当てると、正体を露わにした。なんと現れたのは小柄な少女⁉そんなやり取りを物陰から記者のマイカが見ており…。
宇宙船でA3コロニーへと向かう颯也たちだが、狼月からミサイル攻撃という手荒な歓迎を受ける。緊急で不時着し、散り散りになった颯也たちは、ゲーム開始まで残り時間わずかとなる中、警備隊の追撃をかわしながら、入場ゲートを目指すことに…。
鉱山へと迷い込んだ颯也とラビ。ラビはそこで、矯正労働させられている部下のパルトとネルを救出し、共にゲートを目指すことに。かつてラビはA3『逃走中』のゲームマスターだったが、狼月の裏切りでその座を奪われ、A7へと逃れてたぬき男となり身を隠していた。
シグマやルナ、さらにハーヴェストの呼びかけで駆けつけたシドらが続々と入場ゲートを突破する中、颯也とラビたちは苦境に立たされる。だが、モーリスが大勢の警備隊を引きつけたことが突破口となり、颯也やラビたちはタイムオーバー寸前でゲートを通過。20名の参加メンバーが顔を揃えた。
一方、ハル、モーリス、ガスティンの3名は『逃走中』への参加を断念、別の任務のために動き出していた。
狼月の開催する新たな『逃走中』がいよいよスタートした！今回のステージは1970年代のアメリカ。颯也たちが降り立ったのは西海岸の街！そして最終目的地はニューヨーク！さっそく行動を開始する颯也たちだったが、A3コロニーのハンターは大幅に強化されている。加えて、今回は雪之丞という強大なライバルも参加していた。
オープニングゲームが始まり、逃走者たちはアイテムBOXに入った鍵を探し出し、車で東を目指す。しかし、それはタイムリミットのある危険なドライブだった。
一方、A3コロニーで潜入捜査を続けるハル、モーリス、ガスティンの3人は、警備隊の追跡から逃れ、無事に月村サトシを見つけ出すことが出来るのか！？
1970年代のアメリカを舞台とした『逃走中』に挑む颯也達は、次の逃走エリアを探索中にマフィア達に追われている謎の女性・キャリーと出会う。キャリーが颯也に、隣町で開催されている『バルーン祭り』の会場までコーラを届けたいので手伝ってくれと頼むと同時にミッションが発動。逃走者達は乗って来た車を使って、大量のコーラを隣町まで運び出すことになった。コーラを運んだ量により、ハンターが増減するらしい。
大量のコーラを載せた大型トレーラーに乗った颯也達は、目的地へと疾走する。道中、キャデラックに乗った雪之丞たちの邪魔が入り、かなりの瓶が割れてしまう。さらに背後にはマフィア達の運転するハンター車両も追いかけてきて、激しいカーチェイスとなる。
颯也の活躍で何とかハンターの脅威をかわし、制限時間内に目的地へゴール。だが、サメジマの妨害やカーチェイスの影響で大量のコーラ瓶が割れており、惜しくもミッションは失敗に終わる。だが、キャリーは密かに目的を達していた様子だった。
そして、急用ができたというキャリーは颯也に「ニューヨークまで一緒に連れてって！」と言い放つ。
ニューヨークを目指す逃走者たち。移動の最中に濃霧に見舞われ、霧が晴れるまで近くのキャンプ場に立ち寄ることになった。そのキャンプ場には殺人鬼が出るという噂があり、今ではすっかり人が寄りつかなくなっていた。施設内を探索する一同。すると一人になったパルトが謎の仮面に憑りつかれ、化け物のような姿に変貌してしまう。化け物と化したパルトに襲われ、散り散りになる逃走者たち。そこへハンターもやってきて、新たなミッションが発動する。果たして颯也たちは化け物になったパルトを助け出し、ミッション成功することが出来るのか？ キャンプ場に巣食う殺人鬼の正体とは？ 恐怖と混沌のミッションに紛れ、一人の男が動き出す。
マフィアにさらわれらキャリーを追ってラスベガスへやって来た颯也たち。キャリーの身柄はラスベガスのカジノ王・エースジャックが預かっていた。「返して欲しければ、1時間以内に100万ドル持ってこい」。カジノ王からの挑戦状だ。できなければ、キャリーはマフィアのボスに引き渡されてしまう。
「1000ドルを使って、キャリーを救い出せ」――狼月マコトによってミッションが発動され、各逃走者には1000ドルのチップが渡された。
カジノで稼げということか。雪之丞たちは早々にカジノのVIPルームへ移動し、高みの見物を決め込んだ。ペンタは早々に全額をすってしまい、10体のハンターが迫る中、颯也たちはなかなかカジノに近づけない。
そんな中、キャリーがカジノホテルの地下金庫の中に閉じ込められているという情報がもたらされ――
1000ドルはカジノで賭けるだけが使い道ではない。与えられた1000ドルで警備員を買収し、キャリーを救うために地下金庫へ向かう颯也とシグマとマイカとシド。その手際の良さにシグマの正体を疑い出すマイカ。だが、颯也たちが地下金庫へ向かっていることはカジノ王・エースジャックの知るところとなった。姑息な手段でキャリーを救い出そうとする颯也たちをエースジャックは容赦しない。マシンガンを持った手下を送り込み、颯也たちを亡き者にしようとする。シグマの機転とスターのシドの活躍で危機を乗り切り、地下金庫からキャリーを助けだすことに成功する颯也たち。だが、出口には何人ものエースジャックの手下がマシンガンを構えて待ち構えている。
颯也たちは無事キャリーを連れて脱出できるのか。シグマのとった驚くべき方法とは。
キャリーを追ってソルトレイクシティ駅へと到着した颯也たち。しかし、キャリーを追っているのは彼らだけではない。コング率いるマフィアたちは、自分たちにとって都合の悪い存在であるキャリーを殺そうと、彼女を執拗に追っていた。彼らより先にキャリーを見つけて保護したい颯也たち。彼女に淡い恋心を抱くペンタは誰よりも必死だ。
キャリーがニューヨークを目指していることを思い出した颯也たちは、2本あるソルトレイクシティ発〜ニューヨーク行きの列車に分かれて乗り込んだ。しかし、ハンターも乗車してきたことから、走る列車を舞台とした逃走劇が繰り広げられることに……！ さらに列車にはコングの画策で爆弾が仕掛けられていることが判明し、颯也たちは解除せざるを得ない状況に追い込まれる。だが、爆弾は容易く解除できない仕組みとなっており、颯也たちは苦戦する。爆弾のタイマーは刻一刻と時を刻み、遂に残り10秒を切った。このままでは列車に乗っている颯也たちやキャリー、そして多くの乗客が谷底へと落下してしまう。
果たして颯也たちはこの危機を乗り越えることができるのだろうか！？
南北二台の列車に分かれ、シカゴを目指す逃走者たち。北回りの列車に乗り込んだ颯也、ラビ、雪之丞、キャリーは、列車の修理のため小さな町に立ち寄ることになった。名産品である『命の水』を狙い、ギャングの一味が町を乗っ取ろうとしていることを聞いた颯也たち。町の人々が怯えているのを見て、かつてカイロス社を乗っ取られた経験のあるラビは心を痛める。みんなで協力してギャングの脅威を退け、町を守ろうと決意する颯也たち。そこへ突如ハンターが襲来し、新たなミッションが始まった。ハンターの目をかいくぐり町の外に出た颯也とラビは、ギャングの車を追い払おうと作戦を決行する。一方、南回りの列車に乗った他の逃走者たちも、別のミッションに挑戦していて……
列車に乗った颯也たちが着いたのは、五大湖に面する大都会シカゴ。逃走者達が揃うと同時に起動する10体のハンター。必死に逃げる颯也は、マフィアに追われていたリックという男に出会う。リックはシカゴを本拠地とする野球チーム、シカゴ・カーチスの選手であり、今まさに、チームの存亡を賭けた試合が始まろうとしているのだという。そこで発動ミッション。「シカゴ・カーチスを勝利へ導け！」颯也たちはマフィアの追跡をかわし、リックを球場まで送り届ける事が出来るのだろうか。
緊急指令を受けて、ホワイトハウスに移動して来たキャリーと颯也達。しかし、謎の物質『ゼータ』を持つキャリーの前に現れた大統領の様子がおかしい。その正体は、宇宙人・ミミックリーだった。ミッションが発動し、ホワイトハウスを舞台とした逃走劇が始まるが、ミミックリーに『ゼータ』を奪われるとゲームオーバーという過酷なルールだった。
さらにミミックリーは様々なものに擬態する能力があり、逃走者や自首BOX、さらにハンターの姿で現れ、ホワイトハウスは大混乱。そんな中でも、シグマが怪盗アポロンではないかと疑っている記者のマイカは、取材を続けていた。そこで偶然、ミミックリーの弱点を突き止める。
シグマはその弱点を利用し、ハンターに擬態したミミックリーを罠にはめ、見事ミッションをクリアする。逃げ切った颯也達とキャリーは、いよいよ最終目的地であるニューヨークへと走り出す！！
一方、現実世界で月村サトシの捜索を続けていたハルが何者かに襲われ……！？
キャリーと共に目的の地・ニューヨークへと辿り着いた颯也たち。彼らは『ゼータ』を大統領に届けるため街を疾走する。そんな彼らを執念深いコングが部下たちと共に追い詰める。
先を急ぐ颯也たちだが、ニューヨーク名物の渋滞にハマってしまう。そして、ここで無情にもミッションが発動される。マンハッタン島への上陸をかけたゲーム。あまりの過酷さに脱落者が続出し、ペナルティとしてハンターが100体放出されことに！？ マンハッタン島を舞台に大量のハンターを相手にした前代未聞の逃走劇が始まる！ そんな中、遂にキャリーがマフィアに捕まってしまった。コングの狙いは彼女自身と彼女が隠し持つ『ゼータ』だ。しかし、彼女の手に『ゼータ』はなかった。果たして『ゼータ』とは何なのか、そして、彼女自身が握る秘密とは……？
一方、逃走を続ける颯也たちに、『ゼータ』の奪い合いを誘発するようなミッションが発動される。ここまで傍観していた雪之丞が遂に動き出す。彼は颯也、シグマ、ラビと次々襲い『ゼータ』を強奪すると、それを手にして大統領のもとへ激走した。必死で雪之丞を追いかける颯也。彼は雪之丞のミッションクリアを阻止することができるのか！？
